1、2006年4月18日，我校团委被江苏团省委评为“全省增强共青团员意识教育活动先进团委”，南通大学附属医院团委佘云、校团委组织部朱小娟、杏林学院团委胡春花三位老师被评为“全省增强共青团员意识教育活动先进个人”。[团苏委发[2006]11号，全省获此殊荣的综合性大学仅八所。]
2、4月20日的江苏省共青团电子政务建设表彰会上，我校团委被江苏团省委授予“江苏省共青团电子政务建设工作先进单位”称号，校团委李清湘老师被授予“江苏省共青团电子政务建设先进工作者”称号。[全省县（市）级团委和高校仅有17家单位获表彰，其中高校仅4家；表彰先进工作者30人，其中高校仅4人。]
3、4月24日，我校附属医院皮肤科陈晓栋副教授被南通市委宣传部、南通团市委授予第六届“南通市十大杰出青年”荣誉称号，化学化工学院葛存旺副教授获“南通市新长征突击手标兵”荣誉称号。
4、4月27日，我校理学院仲崇贵老师被南通团市委授予“南通市新长征突击手”荣誉称号；理学院周响同学获“南通市优秀共青团员”荣誉称号；附属医院监护病房临床护士许旸晖获“南通市优秀共青团干部”称号。
5、4月27日，我校文学院04广播电视新闻专业团支部和附属医院内科二支部被南通团市委表彰为“南通市五四红旗团支部”。
6、4月28日，我校建筑工程学院马爱珍同学、临床医学院黄磊同学和商学院申捷同学被团市委和市教育局联合表彰为“南通市十佳大学生”。
7、6月，我校学生朱晓兰、杨爱荣、金晴晴的作品《华誉测控设备有限责任公司》和施文远、庄昌良、许超的《通康特种滤棒开发有限公司》在江苏团省委、省科协、省教育厅、省学联组织的“龙卡.挑战杯”第四届江苏省大学生创业计划竞赛中双双荣获一等奖，薛明、李寒树、韦梅音、祁晓青、黄凯华的《CCD应用技术有限责任公司》获二等奖，李博闻、常文兵、朱刘学、巩伟、王丹丹的《通大优位科技商业计划书》、黄荣华、陈晓庆、许晶晶、江姜的《T净牙刷创业计划》分获三等奖。
8、7月20日，我校被省教育厅、财政厅、人事厅、江苏团省委授予大学生志愿服务苏北计划工作“优秀组织奖”，朱城同志被授予“苏北计划杰出工作奖”。
9、8月，江苏团省委、省青年志愿者协会授予我校“江苏省第二届优秀志愿服务集体”称号。
10、10月，我校被共青团中央、中国科协、教育部、全国学联联合授予第五届“挑战杯”飞利浦中国大学生创业计划竞赛“高校优秀组织奖”，朱晓兰、金晴晴、江姜、石磊、郭军亮、堵俊、周浩的作品，糜娜、庄昌良、施文远、许超、王亚兰、董颖华、宋丹、黄亚惠、巢凌燕、薛吟的作品双双荣获大赛银奖。
11、10月31日，我校被市委宣传部、市教育局、团市委、市学联联合表彰为“2006年南通市大中专学生志愿者暑期‘三下乡’社会实践活动先进单位”。法政学院促进流浪儿思想道德建设服务团、商学院赴南通地区三峡移民调查实践小分队、公管学院社会主义荣辱观宣传团、教科院赴南通戒毒所心理辅导实践服务团、外国语学院“活力英语”实践服务团、化工学院“义务家教进社区”社会实践服务团、机械学院赴睢宁暑期社会实践小分队、电信学院走进煤矿实践团队、电气学院“大手牵小手”服务团、计算机学院“服务两个率先”社会实践团、医学院“重温长征精神”无锡小分队、医学院江苏省医院信息化建设调研小分队、公共卫生学院南通周边地区地下水水质调研小分队、护理学院暑期社会实践“扶危济困”小分队、体育科学院省十六运大学生实践服务团、美术学院赴南通小康师范村调查小分队、地科院村镇规划服务团、杏林学院“知荣明耻，缤纷杏林”暑期社会实践团队共18支小分队获得“先进集体”称号；张爵宁、刘兆平、徐迎杨、杨凯、陈龙5名老师获得“优秀指导教师”称号；吴勇、张春健、居超、顾本勇、何兴新、许天龙、黄继发、庄飞、闾振、叶文杰、顾向森、姚蓓12名同学获得“先进个人”称号；吴勇的《携手共同成长，塑造美丽人生--南通市流浪儿童生存状况实证调查》、徐超群的《中国农村现状和发展--建设社会主义新农村调查报告》、马建的《关于通大理学院建立PET饮料瓶加工厂的可行性论证报告》、白曙敏、张晟华的《创建和谐家庭? 促进社会和谐--来自南通市崇川区钟秀街道的调研报告》、范磊、盛银娟的《戒毒人员基本心理分析及复吸探究》、顾本勇的《江苏沭阳县外出务工人员留守家属生存状态调查》、周雯瑶、吴焓、陈国芳、刘妮的《南通地区三峡移民现状调查报告》、吴丹丹的《南京自建房调查报告》、钱凯明的《关注基层民警 构建平安南通--关于南通市基层民警工作生活现状的调查报告》、吕吉的《太湖水质调查》、方敏的《建设社会主义新农村--关于农村拆迁的社会调研》、赵鹃的《南通地区老年人晨练情况调查》共12篇调查报告获得“优秀调查报告”称号。
12、11月9日，江苏省第十六届运动会组委会志愿者工作部、共青团南通市委员会授予我校团委“省十六运志愿服务工作贡献奖”，授予陶锋、陈亮两位老师“省十六运志愿服务工作先进个人”称号，授予刘剑、吴丹丹、姜燕、邵建斌、杨洁、陈洁六名同学“省十六运杰出志愿者”称号，授予唐耀等80名同学“省十六运优秀志愿者”称号。
13、在12月7日于南京召开的共青团江苏省十二届五次全委会上，我校医学院临床045班团支部被授予2006年度“江苏省五四红旗团支部”荣誉称号。
14、3月，我校王婷婷同学被教育部、团中央联合表彰为“全国三好学生”。
15、12月，我校团委荣获“全国五四红旗团委”称号。
16、12月，我校紫琅文学社被共青团中央、教育部、国家广电总局、全国学联授予“全国高校优秀学生社团”荣誉称号，12月20日，紫琅文学社被共青团江苏省委、省教育厅、省学联授予“2006年江苏省十佳学生社团”称号，我校心理协会被授予“2006年江苏省优秀学生社团”称号。
17、12月我校朱晓兰同学被共青团江苏省委授予“江苏省十大杰出青年学生”荣誉称号。